Congenitale hartaandoeningen zijn aangeboren hartziektes welke reeds aanwezig zijn bij de geboorte. Dit kan gaan van een klein gaatje in het hart welke spontaan sluit (ASD of VSD) tot meer belangrijke afwijkingen ter hoogte van de hartkleppen (klepstenosen of insufficiënties) tot belangrijke afwijkingen ter hoogte van de bloedvaten welke toekomen of vertrekken uit het hart (bijvoorbeeld Tetralogie van Fallot, abnormale uitmonding van de pulmonaal venes, transpositie van de grote vaten). Erfelijke hartritmestoornissen zijn ook ondertussen beter bekend (Brugada syndroom, lang QT syndroom, aritmogene rechterventrikeldysplasie, CPVT, etc…). Aandoendingen van de hartspier zoals hypertrofe cardiomyopathie moeten ook vroegtijdig opgespoord worden en behandeld worden. Afwijkingen ter hoogte van de grote bloedvaten zoals aorta bij Marfan syndroom kunnen ook voorkomen.